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Text File  |  1995-03-04  |  1.4 KB  |  34 lines
  1. *****************************************
  2. * HSF-type DNA-binding domain signature *
  3. *****************************************
  4.  
  5. Heat shock factor (HSF) is a DNA-binding protein  that specifically binds heat
  6. shock  promoter  elements (HSE).  HSE  is  a  palindromic  element  rich  with
  7. repetitive purine and  pyrimidine motifs:  5'-nGAAnnTTCnnGAAnnTTCn-3'.  HSF is
  8. expressed at normal  temperatures but is  activated  by heat shock or chemical
  9. stressors [1,2].
  10.  
  11. The sequences  of  HSF  from  various  species  show extensive similarity in a
  12. region of  about  90  amino acids, which has been shown, in yeast HSF, to bind
  13. DNA.
  14.  
  15. SFL1, a  yeast protein involved in cell surface assembly and regulation of the
  16. gene related to flocculation (asexual cell aggregation) also contains a domain
  17. highly similar to that of HSF's [3].
  18.  
  19. We have  derived a pattern from the most conserved part of the HSF DNA-binding
  20. domain, its central region.
  21.  
  22. -Consensus pattern: L-x(3)-[FY]-K-H-x-N-x-[STA]-S-F-[LIVM]-R-Q-L-N-x-Y-G-
  23.                     [FYW]-[RKH]-K-[LIVM]
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26. -Last update: June 1994 / Text revised.
  27.  
  28. [ 1] Sorger P.K.
  29.      Cell 65:363-366(1991).
  30. [ 2] Mager W.H., Moradas Ferreira P.
  31.      Biochem. J. 290:1-13(1993).
  32. [ 3] Fujita A., Kikuchi Y., Kuhara S., Misumi Y., Matsumoto S., Kobayashi H.
  33.      Gene 85:321-328(1989).
  34.